高昌国王麴文泰受到欲谷设的威胁，被逼协助欲谷设出兵攻打焉耆，并封锁一切向东的道路。焉耆的使者赶到大唐，向世民报告了西域的战事。世民紧急召集军队，向高昌进发，表面上是冲着高昌去的，实际上真正的目标是欲谷设。麴文泰派出使者向大唐求和。世民却置之不理，随即发兵开始攻打高昌。麴文泰知道此时已无力回天，他在唐军到达之前因病辞世。侯君集的队伍没有遇到任何抵抗，就拿下了高昌。侯君集接收了麴文泰之子麴智盛的投降，将他押解回长安。世民平定了高昌。侯君集仗着自己的军功，态度十分傲慢，引起了不少人的忿恨。大家都觉得他是白白捡到攻占高昌的功劳。高昌平定不到十天，便有若干官员上书列举侯君集在高昌的种种不当举动，要弹劾侯君集。